Installing R and RStudio on OpenSUSE Leap 42.1

Installing R

To install R we should open software manager: “Main menu -> System -> YaST -> Software -> Software Management”, type R-base in the search field, then click on the “Search” button, mark checkboxes for R-base and R-base-devel packages and click on the “Accept” button:

R-base

For correct installation of additional packages we should previously install the GNU C and C++ compilers, in our case 4.8-8.4 version:

gcc.png

If we will work with XML documents we should also install libxml2-devel package:

libxml2

Installing RStudio

Open RStudio download page and choose appropriate installer, for example RStudio 0.99.489 – Fedora 19+/RedHat 7+/openSUSE 13.1+ (64-bit), then download file rstudio-0.99.489-x86_64.rpm, in our case. When file will be downloaded, open Konsole (or Terminal) go to the directory with that file and type a command

sudo zypper install rstudio-0.99.489-x86_64.rpm

zypper

When the installation process will be finished we can open RStudio IDE with “Main menu -> Development -> RStudio”:

devmenu

After running the RStudio main window should look like one:

rstudio

Установка R и RStudio в OpenSUSE Leap 42.1

Установка R

Для установки R открываем менеджер программ: “Main menu -> System -> YaST -> Software -> Software Management”, в поле поиска набираем R-base, нажимаем кнопку “Search”, затем отмечаем пакеты R-base и R-base-devel и нажимаем кнопку “Accept”:

R-base

Для установки дополнительных пакетов из репозитория R следует установить компиляторы GNU C и C++, в нашем случае версии 4.8-8.4:

gcc.png

Для корректной установки пакетов XML и xml2 также предварительно следует установить библиотеку libxml2-devel:

libxml2

Установка Rstudio

Заходим на страницу загрузки RStudio, выбираем соответствующий вариант установки, например RStudio 0.99.489 – Fedora 19+/RedHat 7+/openSUSE 13.1+ (64-bit), и скачиваем файл – в нашем случае rstudio-0.99.489-x86_64.rpm. После окончания загрузки открываем терминал, переходим в директорию, в которой находится файл и выполняем команду

sudo zypper install rstudio-0.99.489-x86_64.rpm

zypper

После окончания установки открываем RStudio IDE с помощью команды меню “Main menu -> Development -> RStudio”:

devmenu

После открытия главное окно RStudio должно выглядеть примерно так:

rstudio

Installing swirl on Fedora 22

swirl is an R package that turns the R console into an interactive learning environment. Here there are instructions to install swirl on Linux, but they have been tested only on Ubuntu and its derivatives.  Although an installing swirl on Fedora follows the same instructions in general, there are some differences.

1. Install the most recent version of R

The latest version of R is in standard Fedora repository, so we can install it using Yum Extender or a command

$ sudo dnf install R
// or for versions of Fedora before Fedora 22
$ sudo yum install R

When the installation will be finished we can confirm that we have the last version  of R with the command

$ R --version

2. Get RStudio

We can download the recent version of RStudio from https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

3. Install libcurl

libcurl is required for the RCurl package, which swirl uses to download courses from the internet. We can install libcurl using Yum Extender or a command

$ sudo dnf install libcurl 
$ sudo dnf install libcurl-devel

4. Install and run swirl

From command line of R or RStudio we can install and run swirl

> install.packages("swirl")
> library(swirl)
> swirl()

Основные команды Git. Краткий справочник

Что такое Git

Git это распределенная система контроля версий с открытым кодом.

Установка Git

Для установки в Windows загрузим дистрибутив Git отсюда и установим, следуя командам установщика. Для установки в Ubuntu самой последней версии Git необходимо выполнить следующие команды. Сначала добавим PPA репозиторий с последними версиями Git, затем обновим локальный индекс и установим пакет:

sudo add-apt-repository ppa:git-core/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install git

В дистрибутивах Fedora Git обычно уже предустановлен, но если все же необходимо его установить, для дистрибутивов, начиная с версии 22, достаточно выполнить всего одну команду:

sudo dnf install git

Для более ранних дистрибутивов надо выполнит команду:

sudo yum install git

Пакеты Git находятся в основном репозитории Fedora и поддерживаются в актуальном состоянии, поэтому всегда можно установить практически самую последнюю версию Git.

Настройка Git

Прежде всего укажем информацию о пользователе, которая будет использоваться всеми локальными репозиториями при фиксации изменений:

$ git config --global user.name "[name]"
$ git config --global user.email "[email address]"

Вместо полей [name] и [email address] указываем соответственно свои имя и адрес электронной почты. Учитываем, что при публикации локального кода в публичных репозиториях эти сведения будут доступны любому пользователю.

Создание репозиториев

Создает локальный репозиторий с именем [project-name]:

$ git init [project-name]

Создает локальный репозиторий на основе существующего внешнего (удаленного) репозитория с адресом [url]:

$ git clone [url]

При этом будут загружены и сам проект, и вся история версий проекта.

Фиксация изменений

Список всех новых или измененных файлов, предназначенных для фиксации:

$ git status

Показывает измененные, но еще не проиндексированные строки:

$ git diff

Добавляет файл в список отслеживаемых файлов:

$ git add [file]

Показывает отличия между проиндексированной и текущей версиями файла:

$ git diff --staged

Отменяет индексацию файла, но сохраняет сделанные изменения:

$ git reset [file]

Фиксирует изменения и добавляет снимок состояния проиндексированного файла в историю версий:

$ git commit -m "[message]"

Работа с ветками

Показывает список всех локальных веток в текущем репозитории:

$ git branch

Создает новую ветку с именем [branch-name]:

$ git branch [branch-name]

Переходит на указанную ветку и меняет рабочий каталог:

$ git checkout [branch-name]

Выполняет слияние указанной ветки с текущей веткой:

$ git merge [branch-name]

Удаляет указанную ветку:

$ git branch -d [branch-name]

Рефакторинг имен файлов

Указанные ниже команды позволяют перемещать и удалять файлы, находящиеся под версионным контролем.

Удаляет файл из рабочего каталога и индексирует операцию удаления:

$ git rm [file]

Удаляет файл из индекса, но оставляет его в рабочем каталоге:

$ git rm --cached [file]

Переименовывает файл и индексирует его:

$ git mv [file-original] [file-renamed]

Игнорирование файлов

Для того, чтобы исключить файлы из числа отслеживаемых, шаблоны имен таких файлов и пути к ним указываются в файле .gitignore:

*.log
build/
temp-*
data/*.txt
# шаблон <code>**/</code> доступен в Git >= 1.8.2
data/**/*.shp

Показывает все игнорируемые файлы проекта:

$ git ls-files --other --ignored --exclude-standard

Сохранение фрагментов

Временно сохраняет (прячет) все измененные отслеживаемые файлы, после чего рабочий каталог не содержит изменений:

$ git stash

Восстанавливает самые последние спрятанные файлы с изменениями:

$ git stash pop

Показывает список всех спрятанных изменений:

$ git stash list

Удаляет самые последние изменения из списка спрятанных изменений:

$ git stash drop

Обзор истории

Показывает историю версий для текущей ветки:

$ git log

Показывает историю версий для файла, включая переименования:

$ git log --follow [file]

Показывает изменения между [first-branch] и [second-branch]:

# показывает изменения между [second-branch] и [first-branch]
$ git diff [second-branch] [first-branch]
$ git diff [second-branch]..[first-branch]

# показывает изменения, которые произошли в [first-branch]
# после ответвления [second-branch]
$ git diff [second-branch]...[first-branch]

Показывает метаданные и содержание изменений указанной фиксации:

$ git show [commit]

Отмена фиксаций

Отменяет все фиксации, выполненные после указанной, сохраняя в рабочем каталоге изменения, сделанные в процессе отменяемых фиксаций:

$ git reset [commit]

Отменяет все фиксации, выполненные после указанной, удаляя также в рабочем каталоге все изменения, сделанные в процессе отменяемых фиксаций:

$ git reset --hard [commit]

Синхронизация изменений

Эти команды синхронизируют состояние удаленного и локального репозиториев.

Загружает всю историю изменений из удаленного репозитория и сохраняет ее локально:

$ git fetch [remote]

Выполняет слияние удаленной ветки с текущей веткой локального репозитория:

$ git merge [remote]/[branch-name]

Загружает все фиксации локальной ветки в удаленный репозиторий:

$ git push [remote] [branch-name]

Загружает всю историю изменений из удаленного репозитория и выполняет слияние удаленной ветки с текущей веткой локального репозитория:

$ git pull [remote]

В качестве источников использовались GitHub git-cheat-sheet https://github.com/cadastreng/training-kit/blob/master/downloads/github-git-cheat-sheet.md и русский перевод 2-го издания книги “Pro Git (Second Edition)” by Scott Chacon and Ben Straub (Apress, 2014) http://git-scm.com/book/ru/v2